En el archivo my.ini de MySQL (de la ruta «C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.1» )

Esto va en la sección [mysqld] (es la más grande de las configuraciones del archivo):
max_allowed_packet=2000M

Y al final del archivo, va esta sección (no es probable que ya exista, así que hay que
escribirlo todo):

[mysqld_safe]
ulimit -d 256000
open-files-limit=4096